PIANO SUPERIORE
Sesta, settima, ottava sala (locali antichi aggiunti con il recente restauro al percorso museale, già noti come "stanze dei vicari") : corali, disegni, pallii e paramenti liturgici, monete e medaglie, ceramiche.

PIANO INGRESSO
Prima e seconda sala : dipinti dal XV al XVII secolo di scuola lombarda, fiamminga e olandese.
Inoltre: in prima sala scultura Madonna col Bambino della fine del XII secolo, già parte del portale romanico del santuario, immagine-simbolo del museo; in seconda sala antifonario ambrosiano datato 1476 con splendide miniature di Cristoforo de' Predis.

PIANO INFERIORE
Terza sala e quarta: dipinti dal XVII al XVIII secolo di scuola lombarda, emiliana, veneta, fiamminga e olandese. Inoltre in quarta sala sezione Memorie del Santuario - tra le quali di notevole importanza il rilievo romanico Leone di S. Marco, i dossali lignei del coro d'età sforzesca, la Madonna del Latte tardoquattrocentesca in marmo di Candoglia, il pulpito seicentesco già in santuario e in quinta sala Mostra mariana permanente, sezione d'arte sacra contemporanea dal carattere monografico mariano costituita da dipinti, sculture e opere grafiche di noti artisti del XX secolo tra i quali Bodini, Buffet, Carpi, Guttuso, Matisse, Minguzzi, Rouault, Sironi, Sassu, Scorzelli.