Il Museo Baroffio e del Santuario è stato riaperto nel dicembre 2001 dopo una chiusura quasi decennale, necessaria per il completo recupero della struttura architettonica (bonifica dell'ambiente, messa a norma degli impianti, realizzazione di due ascensori per il superamento delle barriere architettoniche), risanata nel rispetto dell'edificio originario progettato dall'architetto Ulderico Tononi e dallo scultore Lodovico Pogliaghi.
Le opere, sottoposte a un riesame di attribuzione e datazione, sono state restaurate e ordinate secondo moderni criteri espositivi, così che sia piena la loro valorizzazione e ottimale la conservazione.
Nuovi spazi sono stati aggiunti al percorso espositivo: una grande sala che ospita una mostra mariana permanente con opere di noti artisti moderni e un intero piano recuperato in antichi e suggestivi locali addossati al santuario.