La raccolta di monete e medaglie, in massima parte frutto del lascito di mons. Luigi Lanella, già presidente dell'Amministrazione del Santuario, è una collezione eterogenea (dalle antiche monete greche e romane a quelle medioevali e moderne, dalle medaglie del XV secolo a quelle del XX secolo), ma di notevole rilievo, come testimonia il catalogo completo redatto da Novella Vismara del Civico Gabinetto Numismatico di Milano.
Tra le medaglie segnaliamo la medaglia commemorativa della fondazione del Tempio Malatestiano di Rimini (1450), opera di Matteo de'Pasti, con il ritratto di Sigismondo Pandolfo Malatesta e la veduta frontale del Tempio Malatestiano (chiesa di S. Francesco) con il progetto di Leon Battista Alberti, mai interamente realizzato.