Sono una settantina i dipinti della collezione storica esposti in museo.
La collezione, interessante nella sua eterogeneità, è in gran parte frutto del gusto di matrice romantica del barone Giuseppe Baroffio Dall'Aglio che a opere di pittori lombardi, veneti, emiliani volle accostare un corpus di notevoli dipinti fiamminghi e olandesi.
Molti i soggetti sacri: una copia in controparte dell'Adorazione dei Magi di Hugo van der Goes, pressoché coeva all'originale oggi a Berlino; la Deposizione di Cristo dalla croce di un tardo seguace di Robert Campin, maestro di Rogier van der Weyden dal cui Compianto conservato al Maurithius dell'Aja la nostra tavola dipende strettamente; una Visitazione di Camillo Procaccini, prolifico artista che giunse a Milano dalla natia Emilia diventando uno dei pittori più stimati nel panorama lombardo tra Cinquecento e Seicento; una Madonna con il Bambino di Bartolomeo Schedoni, irrequieto pittore emiliano del primo Seicento; figure di santi quali S. Caterina d'Alessandria della bottega del Giampietrino, S. Francesco di Girolamo Chignoli, S. Gerolamo di Francesco Cappella, S. Chiara del ticinese Petrini.
Disposti tendenzialmente secondo un criterio cronologico, dal XV al XIX secolo, i dipinti comprendono anche ritratti, nature morte, allegorie, scene di battaglia, scene di genere, paesaggi, vedute. Tra i tanti possiamo citare la fiamminga Allegoria dell'aria e del fuoco, che trae origine dalla celebre serie dei quattro elementi commissionata a Jan Brueghel dal cardinale Federico Borromeo; l'enigmatica Zingara con tamburello di anonimo caravaggesco; le nature morte dell'ambito di Jan Fyt e del Pitocchetto; le battaglie della scuola del Cerquozzi e del Borgognone; la Scena d'inquisizione di Faruffini, recentemente acquisita.
Alcune delle opere estranee alla collezione Baroffio sono particolarmente rappresentative della storia e della devozione del territorio, quali l'interessante tela Pellegrinaggio del Cardinale Federico Borromeo al Sacro Monte di Varese, una delle prime testimonianze figurative della Via Sacra, e i due ex-voto del Magatti in cui è invocata la Vergine Addolorata della Basilica di S. Vittore a Varese.

Adorazione dei Magi

Pittore dei Paesi Bassi
fine sec. XV
olio su tavola
cm 74x61,5
copia in controparte da Hugo Van der Goes
opera restaurata
Ilaria Gavina

Pellegrinaggio del cardinale Federico
Borromeo al Sacro Monte di Varese

Pittore lombardo
sec. XVII
olio su tela
cm 71x59

opera restaurata
Claudio Fociani

Natura morta con funghi e frutto

attribuito a Giacomo Ceruti
detto il Pitocchetto
Milano 1698 - 1767
olio su carta
cm 26x40

opera restaurata
Carmela Comolli Chirici